Dolina Mnikowska – wąwóz o długości około 2 km w dolinie Sanki, położony na zrębie tektonicznym Garbu Tenczyńskiego w obrębie Wyżyny Krakowsko-Częstochowskiej, w Mnikowie.

Głębokość wąwozu wyciętego w wapieniach jurajskich dochodzi do 80 m. Skały tworzą bardzo strome ściany, wrota skalne lub pojedyncze iglice. Znajduje się w nich ok. 17 jaskiń i schronisk, niektóre z nich noszą ślady zamieszkania przez ludzi w czasach prehistorycznych. W górnej części rezerwatu, tuż przy ścieżce szlaku turystycznego wybija Źródło w Dolinie Mnikowskiej. Wypływająca z niego woda uchodzi do Sanki płynącej dnem doliny.

W środkowej części rezerwatu znajduje się polanka. Ponad nią, w południowych ścianach w zakolu zwanym Cyrkiem, we wnęce skalnej urządzono ołtarz z dużym naskalnym obrazem Matki Boskiej Skalskiej. Pierwotny obraz, namalowany przez Walerego Eljasza-Radzikowskiego w 1863 r., został zniszczony i nieudolnie odtworzony. Został ponownie zrekonstruowany. Obok jest wylot Jaskini nad Matką Boską o długości 82 m. Na polance znajdują się ławeczki dla turystów.

Ksiądz Karol Wojtyła dotarł tutaj w czasie wycieczki z krakowskiego Salwatora 27 kwietnia 1952. Dla upamiętnienia tego wydarzenia co roku w niedzielę najbliższą rocznicy tej wizyty odprawiane są tutaj msza św. i nieszpory.

W skład krajobrazu kulturowego Doliny Mnikowskiej, oprócz ołtarza i obrazu, wchodzą również stacje drogi krzyżowej, krzyż na szczycie skały, tablice informacyjne, a także sama polanka i bezleśna część wąwozu, które powstały w wyniku prowadzonej od wieków gospodarki rolniczej – wypasu i koszenia.

Przez dolinę prowadzi trasa rowerowa i ścieżka turystyczna, przystosowana dla turystów niepełnosprawnych. W przysiółku Skały przed górnym wejściem do doliny urządzono parking, z którego dostępny jest również wąwóz Półrzeczki. O budowie i genezie doliny informują tablice opracowane w ramach projektu Małopolski Szlak Geoturystyczny.