Sonic, Knuckles i Tails ponownie łączą siły, aby stawić czoła potężnemu nowemu przeciwnikowi - Shadowowi. Shadow to tajemniczy złoczyńca, obdarzony mocami, z którymi nasi bohaterowie jeszcze się nie zetknęli.

Drużyna Sonica musi poszukać niespodziewanych sojuszników, aby powstrzymać złoczyńcę i uchronić planetę przed niebezpieczeństwem.