Fokarium, będąc częścią naukowo-edukacyjnej placówki akademickiej wspomaga odtworzenie i ochronę fok szarych w rejonie południowego Bałtyku.

Ośrodek istnieje od 1999r., choć działalność na rzecz badań i ochrony fok podjęto znacznie wcześniej. W fokarium bada się m.in. zachowanie fok, sposoby odżywiania i ich dietę, wiek, trasy wędrówek, zatrucie tkanek substancjami toksycznymi, a także stan zapasożycenie oraz ustala najważniejsze zagrożenia i przyczyny śmierci tych zwierząt. Zapoznając się z historią życia fok, zwiedzający fokarium poznają problemy ochrony przyrody Bałtyku. Pracownicy placówki uczą i informują wszystkich, którym tego rodzaju wiedza jest potrzebna – od dzieci po polityków. Dla młodzieży szkolnej prowadzony jest specjalny projekt edukacyjny pn. "Błękitna Szkoła"

Upowszechnianie informacji dotyczących ochrony ekosystemu Morza Bałtyckiego, w tym szczególnie sytuacji morskich ssaków, jest ważnym elementem działalności helskiej placówki. Najpełniejszą, profesjonalną wiedzę przyrodniczą zdobywają tu studenci kierunków przyrodniczych. Dla nich organizowane są wykłady, seminaria, praktyki, ćwiczenia terenowe i specjalistyczne kursy.