Narodziny „Wiatraka” miały miejsce 1 lipca 1995 roku. Początkowo funkcjonował on jako Centrum Kultury Katolickiej i był przyparafialną niepubliczną placówką oświatową. Od 2003 roku działalność „Wiatraka” rozszerzyła się o fundację i została wpisana do Krajowego Rejestru Sądowego.

Ideą powstania „Wiatraka” było stworzenie miejsca przyjaznego ludziom, pozwalającego im się rozwijać i odkrywać w sobie dobro. Z inicjatywą zbudowania przestrzeni rozwoju człowieka wyszli młodzi ludzie z Diecezjalnego Ośrodka Duszpasterstwa Akademickiego „Martyria” wraz ze śp. Ks. prałatem Zygmuntem Trybowskim na czele. To oni postawili pierwsze kroki, które my kontynuujemy do dziś.